Los orígenes de Jódar son muy antiguos: los restos arqueológicos atestiguan la presencia humana en su término desde el III milenio a.C. Durante la etapa ibérica el poblamiento de estas tierras se relaciona con el gran oppidum de Úbeda la Vieja y su política de colonización del valle del Jandulilla, lo que explica la fundación cerca de Jódar del oppidum de la Loma del Perro. A finales de este periodo su término se pobló de torres, entre las que destaca la del cerro de la Atalaya. Durante época romana continuó su dependencia de Úbeda la Vieja (colonia Salaria), con la ocupación masiva del término de Jódar por villas romanas.

En las fuentes árabes se denomina a esta población como Sawdar, que en principio no era más que una aldea dotada de una pequeña fortificación. Progresivamente la población fue aumentando e incrementándose su tamaño, hasta convertirse en un próspero núcleo urbano, considerada en el siglo X como una de las dieciocho cabeceras de distritos administrativos de la cora de Yayyan (Jaén). Este desarrollo repercutió en la ciudad, que fue circundada con lienzos de murallas, se levantó una mezquita de tres naves sostenidas por columnas de mármol y jardines, y la fortaleza se convirtió en una alcazaba donde residía el gobernador y la élite árabe. Sawdar era una de las primeras productoras de aceite de Jaén, hasta el punto de que se la conocía como Gadir al-Zayt -el depósito de aceite-. 

Conquistada por las tropas de Fernando III, entre 1227 y 1229, pasó a ser uno de los núcleos más importantes en la frontera con Granada. Al poco tiempo, tanto Jódar como Bedmar fueron entregadas en señorío a Sancho Martínez de Xódar. En 1272 el rey Alfonso X el Sabio le concedió el título de Villa Leal y Fuero de Lorca, que no hizo sino impulsar su repoblación. 

Por enlaces matrimoniales recaló Jódar en los Sotomayor, que en el año 1371 la vendieron al condestable Dávalos. Al caer éste en desgracia, por sus enfrentamientos con don Álvaro de Luna, y serle confiscados todos sus bienes y retirados títulos y dignidades, las tropas de Juan II sitian Jódar, que termina por entregar su alcalde. 

El 3 de enero de 1485 la reina Isabel la Católica autoriza a su guarda mayor, don Día Sánchez de Carvajal, a fundar mayorazgo en sus dominios de Jódar y Tobaruela. En 1618 Felipe III elevó este señorío a marquesado, que por herencia recalaría en la Casa de Frías. 

En el marco del enfrentamiento de los Benavides y Carvajales en Baeza, en el año 1521 don Alonso de la Cueva asaltó la población de Jódar, prendiendo fuego al castillo en venganza por el asesinato de su padre, don Luis, a manos del señor de Jódar, don Diego de Carvajal. 

El siglo XVI fue el de mayor auge de la población, extendiéndose su casco fuera del recinto amurallado. En el siguiente siglo, Jódar siguió la tónica de la provincia, con periodos de carestías y epidemias. A partir de la segunda mitad del siglo XVIII comenzó la expansión del cultivo del esparto en la localidad, lo que unido a la masiva plantación del olivar en la provincia propició el auge de la industria del capacho. Esto aparejó un constante reguero de emigración y trajo consigo los problemas de Jódar en la edad contemporánea, la escasez de término, la mano de obra no cualificada, la aparición de cuevas y la marginación.